1、利率不同
目前房贷利率五年以上的商业贷款基本利息是4.9%，公积金贷款是3.25%。
2、比例不同
公积金贷款比商业贷款贷款比例大，公积金首套能贷款8成，而商业贷款首套能贷款7成。
3、审批时间不同
公积金贷款时间较长，约40个工作日，商贷则一般是20个工作日。
4、主体和来源不同
公积金贷款是由公积金管理中心发放的，商业贷款则是是银行发放的。还有，公积金贷款是公积金缴费者缴纳的资金，商贷是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金。
5、年限和额度不同
一般来说，商业贷款要比公积金贷款可选择的还贷期更长、额度也更高。